No hay ningún examen definitivo para el diagnóstico de la cistitis intersticial, por lo que este se realiza prácticamente por exclusión de otras enfermedades, ante una paciente con síntomas de urgencia miccional, aumento de la frecuencia de las micciones y dolor persistente en el bajo vientre relacionado con la micción, y en la que no se identifican signos de infección de la orina teniendo los cultivos y exámenes microbiológicos practicados unos resultados negativos.
Generalmente, el diagnóstico se retrasa en el tiempo, y pueden pasar meses incluso años antes de establecer el mismo, ya que los síntomas pueden confundirse con infecciones urinarias.
En 1988 el National Institute of Health americano estableció como diagnóstico de cistitis intersticial la presencia de síntomas irritativos en ausencia de otra patología identificable, considerando la necesidad de realizar pruebas diagnósticas como es la visión directa del interior de la vejiga de la orina mediante cistoscopia.
El dolor es considerado como el síntoma guía y es el síntoma más frecuente entre los pacientes con cistitis intersticial. La cistoscopia con hidrodistensión bajo anestesia es una prueba necesaria en el establecimiento del diagnóstico. El hallazgo de pequeñas hemorragias en la pared de la vejiga, producidas por la distensión de la misma, es muy característico de la cistitis intersticial.
Durante el proceso de la cistoscopia se obtienen biopsias que suelen mostrar un proceso inflamatorio de la pared vesical, pero sin infección, que conduce a la formación de áreas fibrosas y, como consecuencia de ello, a la disminución en la capacidad de distensión vesical en los procesos evolucionados.
Sin embargo, no siempre existe una correlación entre la severidad de los hallazgos encontrados en el examen mediante cistoscopia con el grado de inflamación identificado en las biopsias de la pared vesical.
El análisis de la orina resulta de escasa ayuda para el diagnóstico, ya que no aparecen hallazgos específicos que orienten el diagnóstico de cistitis intersticial. Es posible que, aún en cuadros muy evolucionados, tan solo se encuentre la presencia de algunas células inflamatorias en la orina.