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   La causa de la cistitis intersticial es desconocida aunque se apuntan factores inmunológicos, microbiológicos, neurogénicos o genéticos como el origen de la misma que, por mecanismos aún no bien aclarados, serían responsables de una alteración de los sistemas de defensa en el tejido de revestimiento que protege la pared de los efectos tóxicos de la orina, lo que puede conducir a irritación de la pared de la vejiga causando cistitis intersticial. Otra posible causa es un aumento de la actividad de un tipo de células presentes en la pared de la vejiga, células que producen histamina y que se relacionan con procesos inflamatorios. Una respuesta inmune alterada, con la producción de anticuerpos que dañen los propios tejidos es otra de las posibilidades de su origen.

 
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